История кафедры начинается в 1988 году на факультете экономической кибернетики, когда была создана новая кафедра: «Кафедра Информатики». В декабре 1993 года согласно веяниям времени она была переименована в кафедру «Информационных систем в управлении». В 1999 году кафедру возглавил Владимир Викторович Годин.

В 2005 кафедра первой в стране начала подготовку по специальности «Информационный менеджмент», в рамках которой готовились специалисты способные эксплуатировать информационные системы по всему спектру их приложений, проектирующих информационные системы и инфраструктуры, вырабатывать ИТ-стратегию.

В 2015 году кафедра начала подготовку магистров менеджмента по программе «Технологическое предпринимательство/Акселерация IT-стартапов». Программа-акселератор представляет собой специальную программу поддержки начинающих технологических/ИТ стартапов. Поддержка осуществляется путём сочетания традиционного обучения и предоставления необходимой инфраструктуры (помещение, сервисы, минимальное предпосевное инвестирование, информационная поддержка и менторское сопровождение), экспертов из заинтересованных представителей бизнес-сообщества и государственных органов.

В настоящее время кафедра проводит масштабную работу, связанную с модернизацией образовательных программ и учебных планов, с целью внедрения проектной модели образовательного процесса.